인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데…