자신의 모습을 감추고 오랜 시간 지구를 위협해 온 외계인을 감시하는 MIB 본부. MIB 본부에도 변화가 요구되면서 신입요원 에이전트 M이 영입되고 MIB 에이스 요원 에이전트 H가 듀오로 결성 된다. 그들에겐 MIB 내부의 스파이를 찾아야 하는 전대미문의 미션이 주어지는데…