국방부에서 극비리에 진행중인 아웃컴 프로그램를 통해 제이슨 본을 능가하는 최정예 요원으로 훈련 받은 애론 크로스(제레미 레너). 제이슨 본에 의해 CIA의 트레드스톤의 존재가 세상에 알려지자, 아웃컴 프로그램 역시 보안을 보장할 수 없게 된다. 프로그램의 수장인 바이어(애드워드 노튼)는 각국의 모든 1급 요원들은 물론, 아웃컴 프로그램을 가장 잘 알고 있는 연구원 마르타(레이첼 와이즈)까지 제거해 모든 증거를 없애려 한다. 하지만 제거된 줄 알았던 애론 크로스가 요원들로부터 그녀를 구해내고 음모의 표적이 된 두 사람은 목숨을 건 반격을 시작하는데…