어벤져스 멤버들과 타노스와의 대접전을 마친 뒤, 지난 5년 동안 사라졌던 사람들이 동시에 돌아왔다. 아이언맨이 떠난 채 한동안 지구를 구할 히어로가 공석인 상황을 수습할 히어로는 현재 스파이더맨 피터 파커뿐이다. 친구들과의 유럽 현장학습 도중 닉 퓨리의 부름을 받게 된 피터는 미스테리오라는 정체 모를 히어로와 힘을 합쳐 엘리멘탈이라는 괴생명체를 무찔러야 하는 상황에 처한다. 그런데 피터는 지구를 구하는 일보다 MJ에게 멋지게 고백할 계획이 우선인데…