어벤져스가 벌인 전투로 많은 사람들이 불의의 사고를 당하는 등 부수적인 피해가 일어나자 정부는 슈퍼히어로 등록제를 추진하려 한다. 어벤져스의 독자적인 판단에 맡기기보다 직접 관리, 감독하겠다는 게 정부의 속내. 아이언맨은 정부의 방침을 따라야 한다는 입장인 반면, 캡틴 아메리카는 정부의 감시 없이 자유롭게 지구를 지켜야 한다고 주장한다. 어벤져스 내부는 캡틴 아메리카(윈터 솔져, 팔콘, 호크아이, 스칼렛 위치, 앤트맨)와 아이언맨(블랙위도우, 워머신, 블랙 팬서, 비전, 스파이더맨) 두 입장으로 나뉘어 대립하게 되는데…