영국 국민으로 거듭난 ‘패딩턴’에게 어느 날 고향인 페루에서 날아온 의문의 편지 한 통. “루시 숙모님이 사라졌어요!” 지도 한 장만 남긴 채 감쪽같이 사라져 버린 ‘루시’ 숙모를 찾아 떠난 ‘패딩턴’과 브라운 가족은 페루의 정글을 둘러싼 비밀을 찾아 모험을 떠나게 되는데…