포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데…