밤마다 석판으로 인해 모든 전시물이 살아나는 비밀을 간직한 자연사 박물관. 여름 동안 래리 대신 그의 아들인 고등학생 닉 데일리가 이곳의 야간 경비 일을 맡게 된다. 테디, 렉시 등 박물관의 오랜 친구들을 만나 반가운 닉. 그러나 이도 잠시, 사악한 파라오 카문라가 봉인을 풀고 탈출하자 박물관은 또다시 위험에 빠지고. 이집트 지옥의 전사들을 부활시키려는 그를 막을 자는 이제 닉밖에 없다! ‘박물관이 살아있다’ 시리즈의 스핀오프 애니메이션.