어린 시절의 트라우마로 암흑의 삶을 살던 사형수 칼럼 린치 는 의문의 조직, 앱스테르고의 과학자 소피아 에 의해 자신의 유전자에 과거의 비밀이 깃들어 있다는 사실을 깨닫게 된다. 유전자 속에 숨어 있는 기억을 찾아주는 최첨단 기술을 통해 15세기에 살았던 조상 ‘아귈라’의 모험을 직접 체험하게 된 그는 ‘아귈라’가 비밀 모임 ‘암살단’에 속해 있었다는 사실까지 알게 된다. 이후, 놀라운 지식과 기술을 축적한 그는 세상을 통제하려는 템플 기사단에 맞서게 되는데…